Pendant la Seconde Guerre mondiale, le jeune Mahito subit une tragédie familiale déchirante et doit déménager à la campagne, où son père travaille pour une famille qui fabrique des avions pour l'armée japonaise. Isolé, Mahito commence à explorer les paysages mystérieux qui l'entourent et rencontre un mystérieux héron gris qui guide le garçon vers une tour abandonnée. Curieux, il y entre, et dès lors le film se déploie en une fantasmagorie merveilleuse et souvent stupéfiante.